В детстве Джиллиан мечтала стать биологом. 25 сентября 1994 Джиллиан родила дочку Пайпер. Настоящую популярность и славу Андерсон приобрела после выхода первых серий Секретных Материалов, осенью 1993 года. Полное имя: Джиллиан Ли Андерсон. В старших классах ее называли «Клоун класса» и «Самая чудаковатая девушка». Коллекционирует произведения искусства. В ее коллекции есть работы Дианы Арбус, Франческо Клементе и Кики Смит. В 1994 году вышла замуж за Клайда Клотца на семнадцатой лунке площадки для игры в гольф на Гавайях при участии буддистского священника. (Развелась в 1997 году). Джиллиан родилась в семье Эдварда и Розмари Андерсон. Создатель Секретных материалов Крис Картер стал крёстным отцом дочери Андерсон. Озвучивала бортовой компьютер корабля в игре 1996 года Hellbender. У Джиллиан Андерсон трое детей: дочь Пайпер Мару Клотц (25.09.94) от её второго брака с Клайдом Клотцом; сыновья — Оскар Гриффитс (01.11.06) и Феликс Гриффитс (15.10.08) от её гражданского брака с Марком Гриффитсом.